Protéger les patients contre les infections à Clostridium difficile est devenue un défi majeur pour les établissements de santé dans le monde. Les principales étapes de la prévention sont la gestion des antimicrobiens, l'isolement précoce, le diagnostic précis, et la désinfection de l'environnement. Une approche simple en trois étapes pourrait aider à en réduire l'acquisition et la transmission. La première étape pour les médecins est de penser au Clostridium difficile quand ils planifient la thérapie d'un patient. Les médecins devraient savoir que le risque de Clostridium difficile est associé à un antimicrobien particulier et à sa durée de prescription. La deuxième étape est l'isolement précoce et de dépistage rapide des cas suspects. La troisième étape est la prévention de la transmission de patients colonisés et infectés au personnel de santé et aux autres patients. Il a été démontré que l'on peut diminuer la transmission grâce à des éléments de protection tels que le port de blouses et de gants, et à des équipements à usage unique (thermomètres rectaux, tensiomètres, stéthoscopes).